En definitiva Matute nacerá y mantendrá siempre su condición de poblado libre, lo que no contradice que hubiera diferentes categorías sociales y que algunos de sus habitantes fueran siervos o collazos de los más pudientes, pero administrativamente sólo dependía del Rey y no de ningún otro señor, es decir, era una Villa de Realengo que, como tal, tenía derecho a nombrar sus autoridades y jueces.
No obstante esa condición no impedía que simultáneamente se aprovecharan de algunas de sus riquezas y tuviera que pagar impuestos a determinados Monasterios en calidad de señorío territorial o solariego, es decir, por concesión del Rey a los mismos para su explotación y usufructo. Ésta es la razón por la que la historia de Matute está entreverada durante varios siglos, particularmente los de la Edad Media, con el devenir de los monasterios próximos. Primero con el de San Millán de la Cogolla hasta que en el siglo XII intercambie con Valvanera su monasteriolo de San Cristóbal de Tobía por otro de aquel cercano a Badarán. También con el de Santa María La Real de Nájera por su posesión del monasteriolo de Certún y tierras aledañas durante varios siglos, desde por lo menos el siglo XI, cuando el rey Don García III y su esposa Estefanía confirman esa propiedad, hasta fecha indeterminada, posiblemente el siglo XIX.
Pero la relación más intensa se mantiene con el monasterio de Valvanera por su vecindad de pastos y montes y porque dominaba, por donación de Don García III en el siglo XI, un poblado, limítrofe por el lado sur, llamado Villanueva, asentado en la ribera del Najerilla en la vertical al Reloj o falda oriental del San Quiles, desaparecido hace siglos y sólo perdurable en el topónimo Vallenava y en algún resto humano y material con los que esporádicamente tropiezan los labradores. Desde él, además de San Cristóbal de Tobía, Valvanera intentará controlar Matute consiguiéndolo sobre todo hasta el siglo XIV cuando la población de Villanueva, harta de tantos conflictos y peleas con los matutinos, abandone el lugar y se traslade a unas cuevas del otro lado del Najerilla, donde permanecerá hasta su definitiva absorción por Anguiano aunque el dominio valvanerense sobre el lugar subsistirá hasta la desamortización del XIX, cuando el liberal Mendizábal confisque los bienes de la Iglesia y obligue a la exclaustración de frailes y monjas, reconvertido en un modelo de explotación agropecuaria de cuya existencia da cuenta el topónimo La Granja, vocablo con el que se conoce actualmente la zona y las ruinas supervivientes, casi todas ellas restos de unas reformas del siglo XVIII. El otro monasterio de influencia poderosa ha sido el de Santa María de Cañas a quien el rey Alfonso X donó en 1256 la villa de Matute pero sin cederle las facultades jurisdiccionales, es decir la potestad de nombrar autoridades y jueces, que ejercería por delegación real el merino de Nájera hasta el siglo XV cuando un privilegio de Enrique IV, confirmado luego por los Reyes Católicos, concedió a Matute jurisdicción independiente, esto es, la facultad de nombrar por su cuenta dichos cargos públicos. Esta relación con el monasterio de Cañas se mantendrá hasta la referida desamortización del XIX en que Matute adquirirá la plena libertad y será la causante, dicho anecdóticamente, de que en ese pueblo y su vecino Villar de Torre prolifere tanto el apellido Matute, cual legado antroponímico de un pasado de servidumbre monástica.