Matute se halla situado al S.O. de la Comunidad Autónoma de la Rioja. Es uno de los municipios que se incluyen en la subcomarca del Alto Najerilla o Sierra riojana, de la que, junto a Tobía, Ledesma, Pedroso y Anguiano, constituye su portal de entrada al estar en la línea divisoria del somontano y las tierras más altas de la cuenca.
Se localiza en las estribaciones de la Sierra de la Demanda Occidental, en la derivación que constituyen los antiguos Montes Distercios, hoy Redonda y Valvanera, concretamente en la falda del conglomerado de Los Cogotes o Repetidor (861 m). Su relieve disminuye progresivamente hacia el valle del Najerilla, teniendo a sus espaldas o parte meridional, en un arco de dirección SO/NE de materiales muy duros, el monte S. Quiles (1.336 m.), el calizo Cerro Peñalba (1.239 m), los conglomerados de la Peña Tobía/Matute (1.077 m) con la Majada Londeras (999 m) y, más atrás y coronando el paisaje pero en sentido inverso, la Majada Manzanar con el Collao la Cima (1.250 m), la Majada Antuñán (1.300 m), Valdeloshaces (1.551 m), Pico La Rioja (Con 1.561 m el monte más alto de Matute), el Cerro Las Frádigas (1.447 m) y el Collado Cirvanco (1.223 m), que cierra el arco empalmando por el este con S. Quiles o descendiendo por el norte hasta la hondonada de La Cubilla (850 m), donde se accede a la Pista Forestal de Las Frádigas.
La parte NE, paralela al río Tobía, está modelada en glacis y terrazas que enlazan con las estribaciones de la sierra de Larra (Valdemora, 830 m).
Tiene tres ríos: el Najerilla, que baña horizontalmente una pequeña parte de su contorno oriental, y dos más pequeños pero que, discurriendo longitudinalmente de SO a NE, tienen más importancia: el Tobía, afluente de aquel, y el Rigüelos o Matute, su río exclusivo.
El Rigüelos o río Matute nace en las fuentes y barrancos de Valdeloshaces y Cervanco, como el Bº del Águila, y, con el importante aporte del Arroyo Manzanar en La Cubilla, encajona su caudal entre los conglomerados de la Dehesa del S. Quiles y las pendientes de Londeras y Los Cogotes, que asimismo lo aumentan con sus aguas de escorrentía, hasta la zona de Covanegra, Salto el Agua, Fuente la Salud, Covamoros y el Arca para ir abriéndose sucesivamente, a partir de Picayo, a las choperas y huertas de El Pero, Fuente Gabriel y Puente Rigüelos, nutrir el acuífero de la Fuente Mayor, durante siglos suministradora del agua de boca de Matute, y, pasadas Las Ribas, Las Ildas y el Molino de Varela, desaparecido por el ensanche de la carretera en 2000/01, unirse junto al puente de Certún al Tobía, que finalmente desembocará las aguas de ambos en el Najerilla, a la altura de Las Ruedas, tras atravesar Certún, la Pontusana, Valdelosterreros, Moreno, El Prao del Moro o La Central, Fuente Cardedal, Las Covachuelas, La Tejera, El Cerrao Blanco, El Río, Velilla y el Corral del Escudero.